Au mois de juin 2007 le gouvernement de la Mauritanie annonça son intention de rapatrier les 25.300 mauritaniens réfugiés au Sénégal et au Mali depuis 1989, où ils avaient été chassés à la suite d'un conflit interethnique. Le mois de novembre 2007, un accord tripartite a été signé entre le gouvernement de la Mauritanie, le gouvernement du Sénégal et l'HCR afin procéder au rapatriement des réfugiés mauritaniens au Sénégal. Sur la base de cet accord au mois de janvier 2008 l'HCR a initié les opérations de rapatriement en partenariat avec l'ONG sénégalaise OFADEC et l'ONG mauritanienne ALPD. La zone de retour comprend les régions mauritaniennes situées tout au long du fleuve Senegal –Trarza, Brakna e Gorgol- et les régions du Guidimaka et Assaba à la frontière avec le Mali.
Au cours de cette première phase des opérations, qui s'est terminée en février 2009, environ 9.000 mauritaniens ont été rapatriés dans leurs zones d'origine.
A partir du 1er mars, du coté mauritanien, l'organisation italienne INTERSOS a été invitée à participer à l'opération. Sous la coordination du HCR, elle est responsable de la gestion des opérations de rapatriement et des activités de réinsertion des réfugiés dans leurs sites d'origines. L'organisation allemande GTZ, quant à elle, s'occupe de la logistique de l'opération. Le premier convoi de la deuxième phase est arrivé à Boghé le 12 mars 2009, dans la région du Brakna. 320 rapatriés, après avoir passé leur dernière nuit au Senegal dans le centre de transit dressé par l'OFADEC au bord du fleuve, ont été transportés du côté mauritanien dans le centre d'accueil de Bogué. Ici, ils ont été installés sous de grandes tentes mauritaniennes où l'ANAIR (Agence Nationale d'Appui et d'Insertion des Réfugiés), dans l'attente des procédures de l'état civil et livraison des cartes d'identité, leur a offert un repas chaud. Vers 13h, les rapatriés ont été transportés sur les sites de retour où chaque famille a reçu une tente, divers outils de cuisine et travail, et une ration alimentaire pour 45 jours.
Les opérations de rapatriement, qui prévoient 2 convois par semaine d'environ 350 personnes chacun, devraient continuer jusqu'à la fin du mois de juin 2009, avant le début de la saison pluvieuse, tandis que les activités de réinsertion vont se prolonger jusqu'à la fin de l'an.
